Агенцијата е самостоен и независен државен орган, надлежен да врши надзор над законитоста на преземените активности при обработката на личните податоци на територијата на Република Северна Македонија, како и заштита на темелните права и слободи на физичките лица во однос на обработката на нивните лични податоци
Агенцијата за првпат е основа како Дирекција за заштита на личните податоци на 22 јуни 2005 година, кога е именуван првиот директор со Одлука на Собранието на Република Македонија („Службен весник на Република Македонија“ бр.50/05).
Со Законот за заштита на личните податоци („Службен весник на Република Северна Македонија“ бр. 42/20) Дирекцијата за заштита на личните податоци се преименува во Агенција за заштита на личните податоци.
Агенцијата за својата работа одговара пред Собранието на Република Северна Македонија.
Агенцијата е целосно политички, финансиски и функционално независна при извршувањето на своите надлежности, задачи и овластувања во согласност со овој закон.
Со Агенцијата раководи директор, кој го избира и разрешува Собранието на Република Северна Македонија на предлог на Комисијата за прашања на изборите и именувањата на Собранието на Република Северна Македонија. Директорот на Агенцијата се избира за време од пет години, со право на уште еден мандат. Директорот на Агенцијата има заменик кој го избира и разрешува Собранието на Република Северна Македонија на предлог на Комисијата за време од пет години, со право на уште еден мандат.
Агенцијата доставува до Собранието на Република Северна Македонија годишен извештај за својата работата. По потреба и по барање на Собранието на Република Северна Македонија, директорот доставува дополнителен извештај.
Директорот ја претставува и застапува Агенцијата пред надлежните органи ги донесува и сите одлуки и решенија во врска со работата на Агенцијата.